Los más antiguos testimonios sobre el poblamiento en esta localidad se remontan al período calcolítico o Edad de Cobre. Es en el propio casco urbano donde se localizan importantes yacimiento de esta época y más concretamente en las cavidades que se han originado en el travertino donde se ubica Zufre. Estas cuevas sirvieron de hábitat a estos primeros pobladores, y en ellas se han documentado restos cerámicos y líticos de distintos momentos prehistóricos.
A estos momentos también corresponde los enterramientos megalíticos, conocidos como dólmenes. Estas tumbas realizadas con grandes ortastatos de piedra se utilizaban para realizar enterramientos colectivos. En Zufre se localizan importantes necrópolis megalíticas, en este caso de galerías cubiertas trapezoidales, como son los casos de Jarrama, Casas Nuevas, La Adelfa o Monte Acosta. Estos dólmenes han sido fechados a mediados del III milenio a.c.
Al Calcolítico le sucede la Edad del Bronce con importantes testimonios en esta zona, tanto de hábitats como funerarios. Dos poblados de esta época: La Papua y El Trastejón han sido objeto de excavaciones arqueológicas, aportando datos sobre los modos de vida de esta época. Estos poblados se caracterizan por poseer murallas y cabañas realizadas con barro y materiales vegetales. Durante esta época la ganadería y los trabajos minerometalúrgicos se convierten en las principales actividades económicas.
Los enterramientos de esta época se denominan cistas, y se extienden por todo el término municipal. Se caracterizan por estar construidos en el terreno y encofrados por lajas de pizarra. En estas tumbas, fechadas a mediados del II milenio a. C., se deposita al difunto y el ajuar funerario.
De la Edad del Hierro, tanto de la época arientalizante o tartésica como de los momentos que la comarca serrana conformó la Baeturia Céltica, no se han localizado yacimientos arqueológicos que testimonien el poblamiento de Zufre durante estos momentos protohistóricos.
El proceso de romanización de esta zona serrana comenzó a partir del siglo I a C. y se basó en explotaciones minerometalúrgicas que se localizan en numerosos puntos de Zufre, como es el caso de la Vicaria. Estas explotaciones mineras continuaron durante la etapa Alto Imperial, es decir, los siglos I y II d. C. Es durante estos momentos, cuando se incrementa el poblamiento de la zona, basado en villas rústicas y fondos, pequeños asentamientos rurales diseminados por todo su término municipal. Algunos ejemplos los tenemos en Monte Acosta, La Boticaria, Huerta de los Llanos o La Zarzuela. Junto a estos asentamientos rurales se han localizado las necrópolis.
En el propio casco urbano de Zufre se han localizado restos constructivos como aras, fustes de columnas o capiteles que nos indican la existencia de un importante asentamiento.
Durante la época árabe, Zufre se va a convertir en un importante núcleo urbano como lo atestiguan los restos de muralla y torres de época almohade. El actual urbanismo de esta localidad rememora al de esta época con calles pequeñas, adarves y un trazado irregular que nos señalan una trama urbana contenida por el recinto fortificado.
El principal testimonio de la existencia de cerca almohade que contaba con un perímetro de 1500 metros, es la Torre de la Harina, realizada en tapial, de planta cuadrangular y totalmente maciza. Junto a estos testimonios, se localizan en su término municipal, pequeños asentamientos rurales o alquerias dedicadas a explotaciones agropecuarias.